رغم تعدد المزايا التي تحققها المنظمات المعتمدة لمفهوم التخطيط اﻻستراتيجي إﻻ أن ثمة عدداً من المنظمات ﻻتستطيع استخدامه ﻷسباب تتعلق بـ:
*وجود بيئة تتصف بالتعقيد والتغير المستمرين بحيث يصبح التخطيط متقادماً قبل أن يكتمل:
*امتناع بعض المدراء عن وضع أهداف لوحداتهم بسبب اعتقادهم بأن ﻻوقت لديهم من أجل ذلك.
*ظهور المشاكل أمام التخطيط اﻻستراتيجي يعطي انطباعاً سيئاً عن هذا التخطيط في أذهان المدراء.
*قصور الموارد المتاحة للمنظمة ربما كانت عقبة أمام استخدام مفهوم التخطيط اﻻستراتيجي.
*التخطيط الفعال يحتاج الى وقت وتكلفة.