تعترض تطبيق نظم إدارة الأداء صعوبات متعددة أهمها:
- تبدو الصعوبة الأولى في تطبيق نظام إدارة الأداء من كونها تتعلق بالعامل البشري واحتمالات الخلاف في الاتجاهات والرغبات والإدراك بين الرؤساء والمرؤوسين، لذا فإن التحدي أن تجد الإدارة وسيلة لإدارة الأداء تكون واضحة ومقبولة من العاملين، وتحقق أهداف الإدارة والعاملين في نفس الوقت.
- الصعوبة الثانية في نظم إدارة الأداء هي أهمية التنسيق والتوازن بين مكونات النظام الأساسية: أهداف النظام، معايير النظام، وإجراءات النظام بمعنى ألا تستغرق الإجراءات جل اهتمام الإدارة مثلاً وتتجاهل الأهداف التي كانت وراء إدخال النظام، كما أن التنفيذ الصحيح لفكرة إدارة الأداء يتطلب التناغم المستمر بين الأهداف ومعايير التقييم لنتائج الأداء.
- والصعوبة الثالثة في نظم إدارة الأداء هي التناقض الطبيعي بين متطلبات العمل ومتطلبات العامل الذي يؤدي العمل. من ناحية متطلبات العمل يكون التركيز عادة على كمية الأداء وسرعته ومستوى الجودة المطلوب وحرفية الأداء بمعنى التقنية المطبقة. أما متطلبات العامل فيكون التركيز من جهة العمال عادة هو السعي إلى الأداء المريح الذي تتوفر له سعة من الوقت، والرغبة في فترات راحة أكثر وضغوط أقل من جانب المشرفين مثلاً، والتجاوز عن الأخطاء والهنات التي يراها العامل بسيطة أو غير مؤثرة في جودة العمل، ثم في النهاية يريد العامل عادة ثباتاً نسبياً في معدلات الأداء المفروضة عليه.