تعاني كثير من المنظمات، كما يعاني المديرون من مشاكل خاصة بعملية تقييم الأداء، الأمر الذي قد يؤدي إلى فشل أنظمة تقييم الأداء، ويمكن تقسيم مشاكل تقييم الأداء إلى قسمين: القسم الأول خاص بمشاكل أنظمة تقييم الأداء، والقسم الثاني خاص بالمديرين القائمين بعملية التقييم.
أولًا: مشاكل أنظمة التقييم: تعاني بعض المنظمات، من مشاكل ترجع إلى نظام تقييم الأداء ذاته، ومن أهم هذه المشاكل: 1. عدم دقة معايير التقييم، وعدم قدرتها على التعبير عن الأداء. 2. عدم وجود تعليمات سليمة، وكافية في أسلوب التقييم. 3. عدم دقة درجات القياس، (مثل ممتاز وجيد ومتوسط وغير ذلك) في التمييز بين العاملين. 4. عدم وضوح العلاقة بين إدارة الأفراد والمديرين التنفيذيين، وعدم وضوح وظيفة كل منهما في هذا المجال. ثانيًا: مشاكل المديرين القائمين بالتقييم: يواجه المديرون مشاكل خاصة بهم في عملية التقييم، ومن أهمها ما يلي: 1. ميل المدير إلى التعميم، وهو أن يتأثر بصفة وحيدة في أداء المرؤوس، تجعله يعممها على باقي صفات الأداء، أو أنه يتأثر بالأداء العام والكلي للمرؤوسين، فيميل إلى تقييم كل جوانب ومعايير الأداء، بنفس القيمة. 2. عدم فهم معايير التقييم، فمعايير مثل المبادأة، والتعاون قد تكون غامضة في معناها. 3. عدم فهم مقياس التقييم، فإذا كان المقياس مقسمًا إلى ممتاز وجيد جدًا وجيد ومقبول ومتوسط وضعيف، فما هو معنى كل درجة؟ وما هي حدودها؟ الأمر قد يكون غير مفهوم، أو أن فهمه يختلف من مدير لآخر. 4. التساهل، أو التشدد، أو التوسط؛ حيث يميل بعض المديرين إلى إعطاء تقديرات عالية، أو تقديرات منخفضة، أو تقديرات متوسطة، ويعتبر ذلك نوعًا من عدم الدقة. 5. التحيز الشخصي؛ حيث يميل بعض المديرين إلى التحيز إلى من يفضلونهم من المرؤوسين، وقد يرجع ذلك للقرابة، أو الجنس، أو التشابه في الصفات، أو الصداقة، أو الميل الشخصي للمرؤوسين.